曼城足球俱乐部最近被英超联盟认定在115项财务违规指控中，大部分指控成立。这一消息让瓜迪奥拉的过往言论再度引发关注，这位在俱乐部执教长达十年的传奇主帅于今年夏天离开，接替他的是恩佐·马雷斯卡。在他执教曼城的十个赛季中，球队获得了20座奖杯。然而，受到指控的时间范围主要集中在2009至2018年，且大部分时间并不在他的执教期间。此外，曼城还被指控在2018至2023年期间未能配合英超联盟的调查。

早在2018年，瓜迪奥拉就对首次曝光的调查作出了直接的回应。当时，他将记者对他薪水的质疑转移到了俱乐部的声明上，强调俱乐部的清白。然而，随着《明镜周刊》根据“足球解密”披露的信息爆料，前曼城主帅曼奇尼通过一份与阿布扎比俱乐部的私下协议获得了额外薪酬。在曼城以6比0战胜沃特福德，赢得2018/19赛季足总杯冠军及国内三冠王之后，瓜迪奥拉在发布会上被问到薪水的合法性，他强作镇定地回应：“说实话，你觉得我配得上这个问题吗？那天我们赢得三冠王，我收了钱吗？你是在指控我吗？”

2020年，欧足联基于“足球解密”的内容进行了调查，并认定曼城违反了财政公平法。当时瓜迪奥拉透露，他问过董事会，并表示自己信任他们。但是，他同时强调，如果他们欺骗了他，他将立刻离开。曼城随后提起上诉，最终在国际体育仲裁法庭获得支持，推翻了为期两年的欧冠禁赛。在这之后，当利物浦主帅克洛普和热刺教练穆里尼奥对曼城的上诉结果表示失望时，瓜迪奥拉则反击称，三位独立法官的裁决说明曼城并没有做错。他还提到，曼联、阿森纳等俱乐部不愿意看到曼城的崛起，但他相信曼城应当有资格在英超舞台上。

2023年2月，英超的指控清单使事情变得更加复杂。在对阵阿斯顿维拉的赛前发布会上，瓜迪奥拉坚决表示：“我第一时间感觉到我们已经被定罪过了。”他继续强调曼城的无辜，并直言无论发生什么，他都会坚守在球队身边。即使在他执教的最后一年，瓜迪奥拉依然表示对俱乐部的信任，重申他们的行事方式和做出的决定都是正确的。

在他任期结束前，瓜迪奥拉轻松地表示，当调查的结果最终出炉时，他可能会回到曼彻斯特谈论这个问题。他在曼城期间收获了17座重要奖杯，并以独特的风格推动了球队的持续进步。2017/18赛季，他带领球队赢得了第一个英超冠军，标志着曼城在足球舞台上的崛起。在执教近十年后，瓜迪奥拉表示自己已经没有继续下去的能量，正式宣布于2026年夏天离职，结束这段辉煌的执教生涯。